(१) विनियोजन, राजस्व, धरौटी तथा अन्य सरकारी कारोबारको लेखा नगदमा आधारित दोहोरो लेखा प्रणालीको सिद्धान्त बमोजिम राख्नु पर्नेछ।
(२) उपनियम (१) मा जुनसुकै कुरा लेखिएको भए तापनि महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले कुनै निश्चित कारोबारको सम्बन्धमा लेखाको मान्य सिद्धान्त बमोजिम छुट्टै लेखा राख्ने गरी तोक्न सक्नेछ।
(३) कार्यालयले सरकारी कारोबारको लेखा राख्दा कार्यसञ्चालनस्तरको लेखा र केन्द्रीयस्तरको लेखा छुट्टाछुट्टै राख्नु पर्नेछ।
(४) महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले कुनै कारोबारको सम्बन्धमा आवश्यकता र संस्थागत क्षमताको विश्लेषण गरी सुधारिएको नगदमा आधारित लेखा प्रणाली (मोडिफाइड क्यास बेस एकाउण्टिङ्ग सिस्टम) वा सुधारिएको प्रोदभावी लेखा प्रणाली (मोडिफाइड एक्र्युअल एकाउण्टिङ्ग सिस्टम) वा प्रोदभावी लेखा प्रणाली (एक्र्युअल एकाउण्टिङ्ग सिस्टम) लागू गर्न सक्नेछ।
(५) ऐन तथा यस नियमावली बमोजिम राखिने लेखाको ढाँचा, आर्थिक सङ्केत वा वर्गीकरण सम्बन्धमा कुनै द्विविधा भएमा महालेखा नियन्त्रक कार्यालयले निर्धारण गरे बमोजिम हुनेछ।